Palmiry to jedno z najbardziej znanych w Polsce miejsc zbrodni niemieckich w czasie II wojny światowej. Tu, na terenie Puszczy Kampinoskiej, zostało rozstrzelanych 1757 osób.
Tajne egzekucje miały miejsce w okresie od 7 grudnia 1939 r. do 17 1ipca 1941 r. Ofiarami byli głównie przedstawiciele inteligencji. Celem Niemców było wymordowanie tych, którzy mogli stanąć na czele Polski Podziemnej. Skazańców przywożono z więzień warszawskich, głównie z Pawiaka i rozstrzeliwano nad uprzednio przygotowanymi zbiorowymi mogiłami. Zbrodnie palmirskie miały nigdy nie wyjść na światło dzienne - miejsce kaźni zamaskowano sadząc las. Informacje o nich, głównie dzięki leśnikom, dotarły jednak do społeczeństwa polskiego. Cmentarz-Mauzoleum powstał w 1948 r.
Muzeum Walki i Męczeństwa w Palmirach zostało powołane w 1973 r., a od 1980 r. jest oddziałem Muzeum Historycznego m. st. Warszawy. W tym samym roku powstała ekspozycja stała, prezentująca fotografie, dokumenty i pamiątki związane z ofiarami hitlerowskich egzekucji w podwarszawskich lasach.
Wśród ponad 2115 grobów jest wiele mogił znanych warszawiaków, m.in. grób Janusza Kusocińskiego - złotego medalisty na Olimpiadzie w Los Angeles w 1932 roku, Macieja Rataja - marszałka Sejmu, Mieczysława Niedziałkowskiego - posła, działacza PPS, Heleny Jaroszewiczowej - senator RP, Jana Pohoskiego - wiceprezydenta Warszawy, bł. Zygmunta Sajny - księdza. W latach 1946-47 Polski Czerwony Krzyż przeprowadził prace ekshumacyjne w Palmirach i innych miejscowościach: Wydmach Łożnych, Laskach, Szwedzkich Górach, Stefanowie (w lasach Kabackich). Palmiry i Katyń to dwa miejsca zbrodni niemieckich i sowieckich, gdzie niezależnie od siebie, dwaj okupanci zastosowali wobec Polaków identyczną politykę eksterminacyjną.
Nieznany więzień z Alei Szucha wypisał na ścianie celi słowa, które umieszczono przy wejściu na cmentarz palmirski:
Łatwo jest mówić o Polsce, trudniej dla niej pracować,
jeszcze trudniej umrzeć, a najtrudniej cierpieć.